Základním principem čištění je filtrace, a to buď horizontálním či vertikálním podpovrchovým průtokem odpadní vody nerozpadavým propustným substrátem, v němž jsou osázeny mokřadní rostliny (rákos obecný, chrastice rákosovitá, kosatce, ap.).

Kořenové čističky lze připojit jak na oddílnou, tak na jednotnou kanalizační síť.
Technologické zařízení se v případě oddílné kanalizace prakticky omezuje jen na mechanický stupeň předčištění, tvořený česly, usazovacími nádržemi – sedimentačními nádržemi, případně usazováky písku a vlastní kořenové filtry.
Tato zařízení, která však musí obsahovat i klasická čistírna, jsou také jediná, která vyžadují pravidelnou údržbu ( cca 1 hodinu denně ).

Kořenové čističky jsou navrhovány pro odstraňování zejména organických a nerozpuštěných látek, mikrobiálního znečištění a těžkých kovů.
Dle nařízení vlády 229/2007Sb jsou sledovanými parametry u malých zdrojů znečištění do 500 PO: BSK5, CHSKCr, NL, v tomto směru jsou plně postačující svojí účinností ( dosahovaná průměrná účinnost: 85%, 75%, 85%).
Eliminace dalších, již dle nařízení vlády nesledovaných prvků jsou nižší, dosahované účinnosti: amoniak (účinnost 40%), dusík (40 - 50%) a fosfor (40%).
Míru účinnosti lze však zlepšit i u těchto parametrů, jako u každé jiné ČOV, např. zvýšením sorpční kapacity filtrů, umělý mokřad s vertikálním průtokem.

KČOV fungují celoročně, bez ohledu na roční období.

Podrobné informace:

Jedná se o mělký rybníček, vyložený svařenou fólií, či jiným nepropustným materiálem, vyplněný oblázky a štěrkem a osázený vodními rostlinami.
Hladina vody se drží pod povrchem štěrku ( asi 5 -10 cm ), takže komáři nemají šanci.
Šedá voda vstupuje na jednom konci, pomalu prochází celým objemem čističky, kde je čištěna rostlinami a mikroby.
Potom opouští čističku buď do rybníčku, nebo do místního toku.

Správný výběr rostlin pro naše dílo je velmi důležitý. Naprosto nepostradatelné k tomuto účelu jsou například orobince, chrastice rákosovitá, rákos obecný, kosatec žlutý atd., rostliny většinou každému dobře známé. A jsou samozřejmě spousty dalších.
Tyto speciální vodočistivé rostliny jsou schopny dodávat kyslík do svých dutých kořenů, což umožňuje život špínožroutským bakteriím. Bez nich by čistička nefungovala.
Mikroorganismy rozkládají částice odpadu ve vodě na živiny, které jsou částečně spotřebovávány bahenními rostlinami a filtrovány přes kamenitý filtr.

Proces čištění odpadních vod je vzájemnou kombinací fyzikálních, chemických a biologických procesů, jenž jsou složitějšího charakteru.
Kyslík přiváděný kořeny do vody je v blízském okolí kořenového systému rostlin důležitý pro odbourávání organického dusíku. Klasické strojní čističky s tím často mají potíže.
I odbourávání fosforu je částečně realizováno přes vlastní rostliny, protože rostliny využívají fosfor k růstu a nadzemní části rostlin se dají minimálně jednou ročně sklidit a zkompostovat nebo, např. rákos, dále zpracovat.

Pro přibližné určení rozměrů čističky můžeme počítat (velmi nepřesně, protože to závisí na mnoha faktorech), že 5-10 cm² mokřiny vyčistí 1 litr za den. Tedy něco kolem 5 m² na osobu.

Obrovskou výhodou KČOV je, že se mohou stát přímo součástí krajiny.
Mohou být totiž osázeny nejen rákosem nebo chrasticí rákosovitou, ale především různými druhy kosatců, sítin, skřípin, kyprejů atd.

Důležité je i to, že KČOV pracují bez elektrické energie a tak provoz nic nestojí, nepřispívají ani ke kyselým dešťům, ozonové díře, oteplování Země atd.

V rámci vládní reformy venkova je vítáno vracení mokřadů do přírody, zadržují vodu a přispívají tak k pozitivní vodní klimatické bilanci v oblasti.

V evropském programu pro rozvoj venkova je možno čerpat dotace na tyto druhy investic.